¿Es posible mezclar equipos en combinaciones físicas, de modo que algunas cosas sean flexibles, mientras que otras sean fijas?

Sí, es posible.

En la pestaña Contenido predeterminado de tu combinación física, tienes la función "Reservado del stock" que te ayuda a gestionar cómo se comporta el contenido de una combinación física cuando se planifica en un proyecto. Puedes obtener más información al respecto aquí.